朱载坖将陈以勤的奏疏下部议之后，部院重臣都没有发表任何意见，这些人都是人老成精的人物，怎么可能看不明白朱载坖再玩什么套路，以首辅李春芳为首的阁臣和部院大臣，纷纷警告这些官员们，尤其是科道和六部的这些司官，千万不要多事，免得自己受苦。
能考上科举当官的，没有蠢人，朱载坖的态度已经非常之明确，连文人私托笔记，传播一些野史，都要被朱载坖严厉追究，郑晓、黄光昇这样的大员尚且逃不过朱载坖的清算，这些六七品的小官哪里敢炸刺，朱载坖是什么样的皇帝他们又不是没有见识过，现在跳出来，除了被朱载坖收拾之外，不会有任何下场的。
当然，大明朝是不缺乏英雄好汉的，礼部郎中王世懋就上疏称：辽金元以来只修实录不修国史，大明也没有必要一定要修正史。
这也确实是一个意见，不过遭到了自己亲哥哥王世贞的反对，王世贞当即上疏称，辽金都是蛮夷，自然是不会编修国史的，现在大明怎可效仿蛮夷，国史必修，以昭大信。
虽然翰林院检讨王祖嫡上疏称：“修史者不达圣祖之意，遂于建文元年以后书其年而削其号，并削其行事之迹，故此数年间独纪靖难事，而不纪所靖之难为何事，若有所曲讳者。夫以成祖所不自讳所不必讳者，而臣子乃欲强为之讳，非以天奉成祖也。且事须有实，直道难枉，今野史所记已多失真，若不及今明为之纪，令后世以久愤之心，信传疑之语，则史臣之失职不足惜，如成祖何？”
公开要求为建文帝恢复帝号，单独立纪，朱载坖深刻怀疑，这孙子上疏以前是不是喝多了。
右都御史署都察院事海瑞迅速作出反应，上疏朱载坖称：“彼辈狂言，当以法绳之，乞下法司严审！”看似海瑞是在帮朱载坖说话，其实朱载坖很清楚，海瑞这是在救王祖嫡，虽然海瑞说的杀气腾腾，但是朱载坖很清楚，三法司都是他们自己人，能审出个什么玩意来？还不是大事化小，小事化了，倒是一旦朱载坖动手，让厂卫收拾他，那就麻烦了。
所以海瑞要率先上疏，通过朝廷法司来处理此事，同时海瑞还给朱载坖上了一道密疏，海瑞说了两个问题，首先就是修史的问题，海瑞认为这些事情都是天家之事，朱载坖圣心独断即可，不必询于臣子。然后海瑞就对朱载坖最近频繁动用厂卫提出了批评，海瑞认为厂卫是天子鹰犬，皇帝爪牙，不可轻动，引而不发才是威慑力最大的时候，频繁动用厂卫，对朱载坖名声不好。
朱载坖当即御批道：“卿至诚之言，朕已知之！”
随后朱载坖就召见了李春芳和陈以勤，朱载坖将王祖嫡的奏疏给两位重臣，朱载坖说道：“不想时过境迁之后，尚有建文余孽！”
这四个字可是很要命的东西，李春芳赶紧说道：“陛下，建文余孽尚不至此，只不过是一些无知言论，不识大体罢了，陛下不必理会。”
李春芳的意思很明显，就是希望朱载坖冷处理此事，不必理会即可，但是朱载坖显然不是这么想的，朱载坖有些激动的说道：“彼辈所想，朕岂不知？为建文翻案是假，为齐泰、黄子澄、方孝孺等人鸣冤是真！若彼辈骂朕，朕自当有肚量，天底下骂朕的人多了，不差他王祖嫡一个，但是辱及成祖，朕必不饶他！”
朱载坖当即在王祖嫡的奏疏上御批道：“太祖高皇帝宾天未及一月，听流言而罪周王，破其家，灭其国。不旋踵而罪代王。湘王无罪，令其阖宫焚死。齐王无罪，降为庶人，拘囚京师。岷王削爵，流于漳州。此皆天下共知之事，尔待何言？明白回话！”
朱载坖命令司礼监派遣台谏将朱载坖的御批直接送达王祖嫡的手上，要他明白回话。解释这事，朱载坖同时还降旨给内阁：“王祖嫡疏言所靖之难为何？天下有不知者乎？此言是人臣之言乎？”
王祖嫡这话确实是被朱载坖逮到漏洞了，成祖为什么靖难，在大明不是一个不能谈及的话题，之前朝廷刊行的奉天靖难记是详细说明了成祖靖难的原因的。
成祖一共列举了建文君臣的十四条罪状分别是：一、父病而不令子知。二、太祖死后入殓不过一日，不合礼制。三、父死而不报子知。四、父死而子不得奔丧。五、太祖梓宫七日而葬，不合礼制。六、拆毁宫殿，有违太祖后世子孙不须更造，以劳军民的令旨，不合礼法。七、奸邪小人巧言欺惑皇帝，变乱祖法。八、囚禁朱棣派去的百户，令其诬陷朱棣造反。九、奸臣齐泰等作威作福，擅行予夺大权。十、令恶少宋忠、谢贵等前来屠戮，逼己起兵。十一、齐泰等矫诏令耿炳文来攻北平。十二、齐泰揭榜毁骂，指斥太祖，大逆不道。十三、奸臣矫诏令李景隆领天下兵马攻打北平。十四、奸臣欲灭太祖子孙，以图天下。
民间的凡夫俗子不知道可以理解，但是你王祖嫡两榜进士，翰苑菁华，你跟朱载坖讲你不知道那你就是多少是有点故意恶心人了。
所以朱载坖抓住王祖嫡奏疏中的这一漏洞，予以打击，同时朱载坖命令内阁、部院大臣、科道言官等都必须上疏就此事发表意见。
锦衣亲军都指挥使陆绎当即请命将王祖嫡下诏狱严审，陆绎相信，只要到了诏狱，陆绎有办法让王祖嫡什么都交代的。
朱载坖摆摆手说道：“不急，和他耍耍，朕这次不但要杀人，还要诛心。”
很快，诸位臣子们都上疏就此事发表意见了，大家都能够体会朱载坖的意图，在奏疏中纷纷指责王祖嫡，朱载坖并没有继续罢休，而是召集重臣，商量此事应该怎么收尾，朱载坖很清楚，有和王祖嫡一样想法的人，绝不止一个。